این نظر برای تصمیم نهایی به مجمع تشخیص مصلحت فرستاده شد و در نهایت شرایط به‌گونه‌ای شد که اخباری مبنی بر اینکه انتخاب رئیس کل بانک مرکزی با رأی دو نفر از رؤسای قوا از مجمع تشخیص مصلحت بیرون آمد. پس از این خبر که از انتشار رسمی آن جلوگیری شد، دکتر احمدی‌نژاد نامه‌ای حاوی استدلال‌های حقوقی به رهبر انقلاب نوشت و توضیح داد که این تصمیم منجر به تغییر قانون اساسی می‌شود.
پس از نامه رئیس‌جمهور نیز رهبری، موضوع بانک مرکزی را معضل دانستند و به مجمع برای بررسی مجدد آن دستور دادند. اطلاق عنوان "معضل" به این ماده از برنامه پنجم در حالی است که برابر قانون اساسی، معضل هم باید از طریق مقام معظم رهبری به مجمع ارجاع شود و هم تأیید تصمیم مجمع برعهده رهبری است.
این در حالی است که رئیس‌جمهور و مشاور حقوقی او معتقدند مجمع تشخیص مصلحت روندی را در پیش گرفته و به مواردی وارد می‌شود که اساساً چه مجمع و چه مجلس شورای اسلامی صلاحیت ورود به آنها را ندارند، یعنی با این اقدام در مقام تغییر قانون اساسی برمی‌آیند که برابر قانون اساسی سازو کار خاص خود را دارد.
دکتر غلامحسین الهام که پیش از انتشار نامه رئیس‌جمهور نیز در مقاله‌ای با عنوان "صلاحیت مجمع تشخیص مصلحت"، از ورود مجمع در مواردی که صلاحیت آنها را ندارد، انتقاد کرده بود، ظهر امروز (پنج‌شنبه) نیز در حاشیه دیدار کارکنان مؤسسه فرهنگی مطبوعاتی ایران با رئیس جمهور در جمع خبرنگاران در مورد نامه اخیر دکتر احمدی‌نژاد به نمایندگان مجلس و انتقاد وی از اقدام مجمع تشخیص مصلحت نظام در تغییر آشکار قانون اساسی اظهار داشت: یک بحث در اینجا اختیارات مجمع است و این مساله‌ی مهم و اساسی است. مجمع تشخیص مصلحت برای استفاده از ظرفیت‌های نظام اسلامی تاسیس شده، به‌خصوص استفاده از ظرفیت احکام حکومتی اسلامی که مغفول مانده بود و به همین خاطر مجمع تشکیل شد و اینکه ظرفیت نظام اسلامی افزایش پیدا کند. ولی اتفاقی که بعد از آن افتاد، برخلاف مشی امام(ره) بود. هنگامی که تاسیس مجمع در حال قانونی شدن بود، امام(ره) تصریح کرده بودند که مجمع نباید در عرض دیگر قوا باشد و در واقع مجمع باید مسیری برای حل معضلات نظام باشد.
وی گفت: در مسیری که مجمع برای عبور از قانون اساسی دنبال کرد که این امر مقداری ناشی از برداشت از اصل 112 بود، به تدریج به سمتی می‌رود که قانون اساسی را تعطیل می‌کند و طبیعتا این حرف برخلاف فلسفه‌ی تاسیس مجمع است؛ چراکه مجمع تشکیل نشده است که قانون اساسی را تعطیل کنیم و باید بین این مرزبندی یک دقت نظر عمیق‌تری را ایجاد کرد. بخشی از حرف رییس‌جمهور نیز همین است و به نظر من نیز حرف درستی است. حالا امروز وارد عرصه‌ی قوه‌ی مجریه شده‌اند و اختیارات مسلم قوه‌ی مجریه را دارند سلب و محدود می‌کنند و جایی دیگر وارد اختیارات شورای نگهبان خواهند شد و گام سوم وارد اختیارات رهبری خواهند شد و چه تضمینی دارد که با این روش، ما یکپارچه شاهد یک قانون اساسی جدید و یک نظام جدید نباشیم؟ باید این را از نظر حقوقی دقت و مراقبت کرد.
به گزارش ایسنا، مشاور حقوقی رییس‌جمهور ادامه داد: من خودم نظرم این بود که مجمع آن‌چه را که در اختیار مجلس نیست، یعنی منجر به تغییر قانون اساسی می‌شود، حق و صلاحیت ورود به آن را ندارد. صلاحیت مجلس نیز در چارچوب قانون است.
الهام در پاسخ به سوال دیگری مبنی بر اینکه مجمع تشخیص مصلحت نظام می‌تواند وارد حل معضلات شود و حل معضلات از جمله وظایف مجمع محسوب می‌شود، گفت: معضلات، ارجاع از رهبری می‌خواهد. آن‌چه که بین مجلس و شورای نگهبان رد و بدل می‌شود، معضل نیست و لذا در ترکیب و شکل اصل 112 آن‌چه که مجمع در این عرصه وارد می‌شود، تصمیم نهایی را نیز خود می‌گیرد و آن‌چه را که به عنوان معضل مطرح می‌شود، همان است که امام(ره) مطرح کردند، یعنی مشورت با رهبری برای حل معضلات نظام. بنابراین، معضل باید از سوی رهبری ارجاع شود و تایید نهایی نیز به وسیله‌ی رهبری باشد و این معلوم است که یک امر حکومتی ویژه است و در واقع پشت آن ولایت مطلقه فقیه است، نه مستقیما مجمع تشخیص مصلحت. لذا این اتفاقات که خود مجمع راسا برای نفی قانون اساسی تصمیم می‌گیرد محل بحث است.
وی در پاسخ به سوالی مبنی بر اینکه در واقع بحث بانک مرکزی در حال حاضر به عنوان یک معضل از سوی رهبری مطرح شده، ادامه داد: بعدا این‌گونه شد. به نظر من آنها به گونه‌ای عمل کردند که رهبری را در یک معضل قرار دادند. آنها از هیچ، معضل ساختند و بعد موضوع را تبدیل به معضل کردند و رهبری نیز برای حل معضل وارد شد؛ وگرنه بانک مرکزی 30 سال است که فعالیت می‌کند. البته می‌توان روش‌ها را تقویت کرد و ارتقا داد. بحث این نیست اما یکباره وارد عرصه‌ای شدند که به قیمت نقض قانون اساسی می‌خواهند یک سیستم جدیدی را ایجاد کنند. بانک مرکزی را با یک مدیریت جدیدی خارج از قوه‌ی مجریه مواجه کنند.
وی افزود: با این تصمیم مجلس معضل درست شد و با تصمیم‌گیری مجمع، معضل در معضل شد. یعنی تصمیم‌گیری مجمع معضل جدیدی را درست کرد و رهبری با یک ابتکار خوب گفتند حالا که خودتان معضل درست کرده‌اید آن را به عنوان معضل حل کنید، نه به عنوان یک جزء برنامه. در واقع استقلال مجمع را برای تصمیم نهایی در مورد بانک مرکزی، رهبری از مجمع سلب کردند و آن‌چه را که حق بود به خود آنها برگرداندند؛ چراکه اگر معضل نبود خود مجمع باید تصمیم نهایی را می‌گرفت. ولی الان این‌گونه نیست و اکنون معضل ساخته‌اند اما رهبری معضل را در اختیار خودشان گرفتند تا مدیریت و حل کنند.
الهام در پاسخ به سوالی مبنی بر اینکه چرا رییس‌جمهور در جلسات مجمع تشخیص مصلحت حضور پیدا نمی‌کند و شاید اگر رییس‌جمهور حضور پیدا می‌کرد این مشکل ایجاد نمی‌شد، گفت: با این ترکیب مجمع مشکلی حل نمی‌شد؛ چراکه اکثریتی در مواجهه با دولت به‌خصوص با رویکرد حزبی و جریانی شکل گرفته و آقای هاشمی راس مدیریت جریان ضددولت است. ایشان در راس مجمع و اکثریتی را که اداره می‌کنند و طبعا فرصتی برای دولت نمی‌گذارند. آن‌چه که ما از گزارشات مجمع شنیده‌ایم و اگر خدای نکرده درست باشد، گرچه منابع از خود مجمع است ولی مجمع آن را تکذیب کرده است این است که در آن‌جا جلوی اظهارنظر و پیام رهبری گرفته شده است و این واقعا جای نگرانی دارد. البته خوشحالیم که مجمع تکذیب کرده و خدا کند که این‌گونه باشد و اگر این اتفاق بیفتد نشان می‌دهد که با رفتن رییس‌جمهور به مجمع مشکلی حل نمی‌شود. باید یک اصلاحی در ترکیب مجمع یا اصلاحی در نظرگاه آن بشود و مصلحت، مصلحت حزب و جمعیت نباشد بلکه مصلحت، مصلحت نظام باشد و باید مقداری نگرش را عمیق‌تر کرد.
مشاور حقوقی رییس‌جمهور در پاسخ به این سوال که با توجه به عدم حضور رییس‌جمهور چرا در جلسات مجمع، نماینده‌ای از دولت در آن‌جا نیست که نظرات دولت را مطرح کند، گفت: رییس‌جمهور از دوره‌ی دهم به بعد در جلسات مجمع شرکت نمی‌کند. از دوره‌ی دهم به بعد اتفاقاتی در مجمع افتاد و مجمع باید مقداری اصلاح می‌کرد. در مواضعی که اعلام می‌کردند مقداری بازنگری می‌کردند و این اطمینان را ایجاد می‌کردند که حضور دولت به عنوان بخشی از کارشناسی اساسی و بخش عمده‌ای از کشور مطرح باشد. ولی با توجه به این مواضعی که بعد از دوره‌ی دولت در مجمع صورت گرفت اگر بنده هم جای رییس‌جمهور بودم در جلسات مجمع شرکت نمی‌کردم
