عدم حضور در مراسم تنقیذ رئیس جمهور
پس از گذشت چندین روز و شورش عده ای اغتشاش گر در کشور که موجب صدمات جانی و مالی فراوانی به مردم و مجموعه نظام شد، مراسم تنفیذ حکم ریاست جمهوری در تاریخ 12 مرداد ماه در حسینیه امام خمینی برگزار شد.قبل از شروع تنفیذ سید حسن خمینی به خارج از کشور سفر نمود تا با عدم حضور خود این نکته را به همگان برساند که وی راه سیاسی خود را انتخاب کرده و همگام اصلاح طلبان و دوستان خانوادگی خود نتیجه انتخابات را قبول ندارد.این اولین قدم رسمی سید حسن خمینی در تقابل با دکتر احمدی نژاد بود. در هفته دولت نیز که هیات دولت بنا بر رسم معمول با حضور در حرم معمار کبیر انقلاب با آرمان های امام و شهدا بیعت می کنند،سید حسن خمینی دومین اقدام را در تایید حرکت موسوی و کروبی انجام داد و بر خلاف رویه سالهای گذشته و رویه معمول که همیشه تولیت حرم(سید حسن خمینی) به استقبال دولتمداران می رفت این بار وی به استقبال احمدی نژاد نرفت تا ثابت کند که این رشته مخالفت ها وی سر دراز دارد.
سکوت در برابر اهانت به ساحت مقدس امام خمینی(ره) در روز دانشجو
پس از فاجعه 16 آذر و توهین بی شرمانه جنبش موسوم به سبز به رهبر فقید انقلاب بازر هم سید حسن خمینی برای عدم مواجهه با دوستان خود و محکوم کردن این جریان، سفر به خارج از کشور را ترجیح داد. جالب اینجاست که موسسه تنظیم و نشر آثار امام نیز در موضع گیریهای جالب صدا و سیما را به خاطر پخش این تصاویر مورد حمله قرار داد .
اعتراض سید حسن خمینی به مستند شاخص
صدا و سیما در ایام دهه فجر با پخش مستندی با نام شاخص سعی در تبیین ابعاد بیشتر از زندگی و سیره حضرت امام نمود اما سید حسن خمینی که در طول هشت سال حاکمیت دوستان وی در جریان اصلاحات که پر از توهینهای بی شرمانه به ساحت مقدس رهبر کبیر انقلاب، تازه به یاد افتادند که باید بر اساس وظیفه فرزندی امام نسبت به خدشه دار شدن چهره امام واکنش نشان دهد و نسبت به برنامه ای که مورد تقدیر و تشکر مردم و نمایندگان مجلس و علما و دیگر اقشار جامعه قرار گرفته بود اعلام نارضایت بنماید. وی در قسمتی از نامه اعتراضی خود که خطاب به آقای ضرغامی نوشته بود، این مطلب را بیان می کند که:
"چنانکه از منابع موثق شنیدهام، برنامهای تحت عنوان شاخص در تلویزیون پخش میشود و به گونهای غیر صادقانه و تحریفآمیز، شخصیت جامع عارف کامل و مهربان و رهبری مقتدر امام خمینی(س) را مخدوش نموده است. جامعه جوان امروز ما به وسیله آنچه در این برنامه پخش میشود، شخصیت واقعی امام را نمیشناسد و تنها با شخصیت دست ساخته صداوسیما آشنا میشود که متاسفانه فرسنگها با حقیقت امام که به فرموده رهبری انقلاب همه هویت جمهوری اسلامی است، فاصله دارد.
امیدوارم احتیاجی به تصدیع بیشتر نباشد و دوستان واقعی امام وظیفه خویش را در قبال امام و تحلیل انقلاب اسلامی به انجام برسانند."